精酿啤酒在酿造过程中，不仅要用质量好的啤酒设备，而且在酿造过程中要保持无菌操作，严防微生物对精酿啤酒造成污染。由于微生物污染引起啤酒风味缺陷，如陈化风味，不会立即出现在成品啤酒中。微生物生长繁殖后，其代谢产物会损害啤酒的风味。这种缺陷可以通过感官的味觉及时发现。有的产生芹菜香精味，有的产生多酚香精味。对精酿啤酒的质量造成危险。
麦汁中溶解的氧气很快被酵母消耗掉，所以好氧细菌不易繁殖，对啤酒不构成威胁。
对啤酒最危险的厌氧细菌)是乳杆菌和球菌。乳酸菌能使啤酒产生酸味，并伴有浑浊和沉淀。硅藻土过滤和纸板过滤不能完全去除乳酸菌，但仍有部分残留在清酒中。球菌感染也产生双乙酰。球菌可以通过硅藻土过滤或纸板过滤去除。发酵啤酒中的球菌大多是灌装过程中的二次污染。
   预防措施
A加强卫生管理，保证啤酒生产的健康。
B.严格对设备和管道进行清洁消毒，定期检查清洗剂的浓度、温度和使用时间，加强工艺卫生死角的管理。
C.建立完善的卫生采样点，对生产全过程、半成品、成品进行严格的卫生检验，条件允许时进行厌氧微生物检验。
D.啤酒的感官味道应制度化，以便及时发现问题，采取有效的技术措施。