发酵系统不像糖化系统有那么多的操作点。但对发酵系统的选择也是至关重要的，主要按照以下三点进行选择：
1、卫生标准
①罐体内部要做酸洗钝化，酸洗钝化的目的是去除不锈钢表面的油污、锈、氧化皮、焊斑等污垢,让管壁更平滑，同时也大大提高不锈钢抗腐蚀性能。处理后表面变成均匀银白色。
②罐内焊缝做到平整、光滑，如果存在凹坑将很难清洗干净。发酵罐卫生状况好坏对啤酒的质量影响很大，清洁无菌是发酵罐最基本的要求。
2、降温速度
选择米勒板式的冰水夹套，米勒板式夹套具有降温面积大，降温均匀、降温速度快、承压能力好等优点。
3、功能

①酒花干投口：用来干投啤酒花。现在有很多种啤酒需要在发酵期间投入酒花来突出啤酒花的香味，比如现在非常流行的IPA。
②二氧化碳充气口：让二氧化碳更好溶于酒体
③取样口：从此处可以取样检测或品尝
④旋转出酒口：可以变换取酒的位置⑤制冷系统酿造设备所需要的制冷系统是根据设备的规格进行匹配的。所以在选择设备是直接有设备供应商进行专业的配备。
二、制冷系统
酿造设备所需要的制冷系统是根据设备的规格进行匹配的。所以在选择设备是直接有设备供应商进行专业的配备。
三、CIP清洗系统

通常中小型的设备会配备100L或200L移动CIP清洗车。它包含一台可加热的火碱罐和一台消毒罐。因重量轻、体积小所以会很方便的把他推到想要清洗的罐体旁边进行清洗。但同时因为容量小所以无法满足较大和罐体较多的酿造设备。所以一个2000L以上的精酿啤酒厂应该配备一个CIP站。糖化系统与发酵系统共用一套CIP。

CIP站由碱罐、酸罐、消毒水罐、热水罐组成。它应做到以下几点功能：
①　用于精酿清洗的CIP泵2台、变频供液。
②　CIP系统管路和自控进行改造，达到自动控制。管板手动跨接单元转换除外。
③　CIP罐的自我闭路清洗。
④　发酵、清酒罐及配套管路系统的闭路清洗。
⑤　麦汁管道的闭路清洗。
⑥　糖化锅、煮沸锅等容器的底部物料管道，可随同锅体CIP时一并进行CIP。
⑦　过滤槽可单独碱洗。

四、控制系统
控制系统包含糖化系统和发酵系统。对于一个啤酒厂的控制系统通常是分开运行。四器糖化系统建议选择PLC全自动控制系统。

PLC全自动控制系统可以做到阀门和电机的点动启动及自动启动，同时做到自动阶段升温、自动阶段降温、配方储存、配方导入、远程控制等功能。并且PLC的画面是根据工艺流程编写，能很直观的显示出管道的走向、电机的位置，大大提高了酿造操作的准确性及时效性。
五、清洗、灌装设备

精酿啤酒厂的灌装设备包括灌瓶机、灌桶机、洗桶机、吹瓶机、贴标机等等。根据销量和销售模式选择相应的设备，也可以让专业的酿造设备制造商进行。同时建议在选择灌装设备产量时，产量应高于计划产量15%-20%。

六、蒸汽、空压等其他辅助系统
蒸汽锅炉的选型在前面有介绍，根据场地条件和糖化系统的规格选择合适的蒸汽锅炉。另外清洗设备和灌装设备一般也会用到蒸汽。所以在选型上也要考虑到这方面的消耗量。