酿造啤酒时，啤酒中的细菌或野生酵母的存在会导致浑浊现象与改变风味。

如何确认微生物污染
为了防止发生污染，常规的微生物检测是必要的。在使用的酵母中的感染有时能直接用显微镜观察到，但只有在这些感染物足够多时才可以做到，而且一些野生酵母在显微镜下是无法与酿造酵母区分开来。因此细菌培养或酵母培养这种方法虽然慢，但对检测感染和确认存在的生物体身份更加准确。
使用在特定条件下（好氧或厌氧）生长的选择性培养基可以确定存在的生物体的数量，并且更好的辨别观察菌群的形状。不同类型的微生物将需要适当的培养基和生长条件，通常啤酒厂使用抑制啤酒酵母生长的选择性培养基来分析啤酒样品。

• WLN培养基：根据菌种不同，在此培养基上生长的酵母菌中在生长特点上存在细微差异，来鉴别野生酵母、酵母菌种和细菌，用于区分啤酒酵母和其他酵母。

• WLD培养基：通过向WLN培养基中添加放线菌酮，抑制培养酵母的生长，此培养基（WLD）更具选择性，用于检测含酵母样品中的杂菌总数。

• Raka-Ray琼脂：也称乳酸菌选择性琼脂，是乳酸菌选择性培养基，用于选择性分离啤酒酿造工艺中的乳酸细菌，可以快速、准确地监测啤酒酿造过程中的各种微生物，包括足球菌。

下表列出了建议从不同样品中检查的微生物以及使用的培养基的建议：

在清洗罐子时，还可以对容器内表面和冲洗用水进行微生物测试，使用三磷酸腺苷（ATP）生物发光法在这里更高效。ATP普遍存在于所有活的生物体中，利用ATP与荧光素-荧光素酶复合物的反应来测定是否存在三磷酸腺苷（ATP），并确定是否需要进一步的清洁。
不难看出，许多阶段都可能出现微生物污染。要避免这些问题需要采取综合措施：啤酒厂的设计要尽量减少产生交叉感染的机会，例如让麦芽粉尘远离发酵区域；管道设计要避免出现卫生死角，防止微生物滋生的环境；定期检查设备的密闭性，任何泄漏或者胶圈损坏都是潜在的警告信号。

如何避免微生物污染
有人说，酿酒90%是清洁工作。这可能有点夸张，但卫生的重要性怎么强调都不为过。特别是在自酿家酿啤酒这类封闭性不好的酿造环境下，彻底的消毒很难做到。
容器和管道必须定期彻底清洗和消毒。最常见的是使用碱清洗，但定期的酸洗也是必要的，以防止啤酒石的堆积从而滋生细菌。清洁容器和管道后，开始使用消毒剂，例如稀释后的过氧乙酸。这也就是CIP系统的工作流程。
酵母应在 0-4 °C（32-39 °F）的温度下进行收集和卫生储存，使用前储存时间不得超过一周。微生物监测可用于确认的酵母不受污染。
啤酒的任何添加物，如消泡剂，啤酒花产品，澄清剂或工艺气体都是潜在的污染源。使用前应检查产品及其添加方式是否受污染，体在使用前应通过无菌过滤器。

如果已经出现了污染问题该如何处理？
如果在包装啤酒中发现感染，已无法挽救，只能用于防止其在未来的酿造中再次发生。
但如果是在一个生产阶段中发现，如要投放的酵母中发现细菌感染，那么酸洗几乎可以立即补救这种情况。如果正确的操作，酸洗将在对酵母健康产生很小影响的条件下大大减少细菌数量。
如果酿造过程中出现了微生物污染，彻底的清洁和卫生是防止再次发生的必要操作。可能需要增加清洁使用化学品的温度、时间和浓度，并且定期检查消毒用品是否失效（稀释过氧乙酸的保质期较短）。检查喷淋球或喷头是否有堵塞。难以进入的区域要特别注意，例如可能需要拆卸板式换热器，更换密封件和垫圈。